Primeira Temporada
A primeira temporada é a fase introdutória da série animada, onde os primeiros X-Men formadores do instituto Xavier, Ciclope, Professor X, Wolverine, Tempestade e Jean Grey, recrutam novos integrantes, Noturno, Lince Negra, Spyke e a Vampira. Noturno descobre a verdade sobre sua mãe, Wolverine encontra respostas sobre seu passado, Vampira passa da Irmandade para os X-Men, as lutas constantes entre Wolverine e Dentes de Sabre se tornam freqüentes e o irmão de Xavier, Juggernaut (banda desenhada), é solto da prisão.
Confrontos contra a irmandade para conseguir novos recrutas se desenvolvem por toda a temporada. A irmandade, inicialmente formada por Groxo, Mercúrio, Blob e Avalanche que aparentemente era comandada pela Mística, é na verdade comandada por Magneto. Depois que Ciclope encontra seu irmão, Alex, que sobreviveu a queda de avião que matou seus pais, eles são levados por Magneto para seu "Santuário" dentro do Asteróide M. Magneto captura os mutantes mais poderosos da Irmandade e dos X-Men para amplificar seu poder e remover as emoções, numa tentativa de "salvar" a espécie mutante de possíveis confrontos futuros com a humanidade, porém, nesse jogo de escolha, os resultados são inesperados e com destaque, a derrota de Mística pela Tempestade, faz com que a Irmandade se desfaça numa briga entre Mística e Magneto. Asteróide M foi destruído por Scott e Alex Summers, mas não antes de Magneto, Dentes de Sabre e Mística conseguirem escapar. Professor Xavier e os X-Men retornam à rotina normal.
